UNIVERZITA V ROKOCH 1938 AŽ 1989
Mníchovská dohoda, ktorá viedla k rozbitiu ČSR, znamenala porážku demokratickej koncepcie aj na UK. Univerzitu musela opustiť väčšina českých profesorov. Vládni činitelia Slovenského štátu neustále vyvíjali tlak najmä na zrušenie akademických slobôd, voliteľnosť akademických funkcionárov, odstránenie habilitačného pokračovania a tým presadiť svoje politické záujmy na Univerzite Komenského. Pozitívnym krokom v rozvoji univerzity v tomto období bolo otvorenie prírodovedeckej fakulty /1940/. V dobe predmníchovskej republiky študovali študenti zo Slovenska prírodné disciplíny na českých vysokých školách. Po roku 1938 pod vplyvom politických zmien prebehla aj reorganizácia Šafárikovej učenej spoločnosti, ktorá sa premenovala na Slovenskú učenú spoločnosť. Táto však vyvíjala veľmi slabú činnosť nepochybne aj preto, že aktívnejšia v tomto smere bola novovzniknutá Slovenská akadémia vied a umení.
Po skončení druhej svetovej vojny sa začala vo vývoji univerzity nová etapa. Politický zápas o moc v povojnovom Československu zasiahol aj univerzitu, ktorá sa aj v tom čase usilovala v duchu starých akademických tradícií zachovať apolitickosť vo svojej pedagogickej a vedeckovýskumnej činnosti. Zmena politického režimu vo februári 1948 znamenala principiálny obrat v živote štátu a spoločnosti. Zásadne ovplyvnila činnosť vysokých škôl a tým i našu univerzitu. Ovládnutie vysokých škôl a ich zaradenie do novej sústavy školstva a kultúry bolo základným predpokladom prípravy inteligencie v duchu zásad komunistickej ideológie. Zákonným predpokladom zmeny postavenia vysokých škôl v sústave školstva, princípov riadenia škôl, ako aj celkovej štruktúry fakúlt a ich vyučovacích foriem bol až vysokoškolský zákon z 18. mája 1950. Bola to predovšetkým reforma štúdia na vysokých školách a potom politická čistka na vysokých školách. Systém riadenia a štruktúra vysokoškolských univerzitných a fakultných orgánov, ktoré zaviedol zákon, znamenali predovšetkým zrušenie relatívnej nezávislosti a rozsiahlej samosprávy vysokoškolskej obce a nastolenie prísneho centralistického riadenia. I napriek direktívnym zásahom zo strany štátnych a straníckych orgánov, zideologizovania univerzitného života, zastávala univerzita popredné miesto pri výchove odborníkov v mnohých oblastiach vedy a kultúry. Začala etapa jej kvantitatívneho rozvoja. Postupne sa rozrastala o nové fakulty: pedagogickú (1946), farmaceutickú (1952), fakultu telesnej výchovy a športu (1960) lekársku fakultu v Martine ( ako pobočka bratislavskej fakulty v rokoch 1962 - 1969, od roku 1991 premenovaná na Jesseniovu LF UK), matematicko-fyzikálnu (vznikla roku 1980 oddelením od prírodovedeckej fakulty). Výrazne narastal aj počet jej študentov, ktorý dosiahol vrchol v sedemdesiatych rokoch (v školskom roku 1978/79 18 050). Fakulty a vedeckovýskumné pracoviská vyriešili veľké množstvo vedeckých úloh, ktoré patrili do skupiny štátnych či rezortných úloh. Spoločenskovedné pracoviská boli ideologizáciou svojej práce postihnuté viac ako prírodovedné, lekárske a farmaceutické disciplíny, takže aj keď tieto nemali takú bohatú tradíciu, dosiahli významnejšie výsledky, ktorých význam prekročil hranice republiky.
